孙贵的水师所向披靡，没遇到什么象样的抵抗便占了大半个崇明群岛。但在攻打最后的崇明本岛时，却出了点麻烦。
精通兵法的洪承畴怕舟山明军趁自己主力南下之机骚扰长江，令江南芜永营水师参将梁化凤率三千水师移驻崇明岛，以扼长江水道。
好巧不巧地，正好赶到。
岛上还有两千王燝的部下，加上梁化凤的三千人，守军达到了五千。
他们面对的是孙贵的两万大军，本来是三万的，孙贵留了一万分守各岛。
梁化凤是陕西长安县人，他对清朝有感情，人家考取了大清的武进士，又帮着大清镇压姜镶之乱，立了战功，官职一路升、升、升！还得到了清廷的夸奖，四个字：“冒死敢战”。
此人今年三十岁，正是冒死敢战的年龄。面对兵力远超自己的明军，毫不畏惧，下令五千部下全部扬帆起航，迎战。
他也并非蛮干，作战风格很像大明水师名将阮进，喜欢黑虎掏心，直取敌人的旗舰。
“跟着我前进”，梁化凤打出了旗语。
孙贵的旗舰是一艘大广船，这艘船是在金门缴获的，他觉得比自己以前乘坐的那艘大福船更大、更稳、能装更多的炮，便将其改成了旗舰。
和夷人不同，大明人没有给自己的战船起名字的习惯，最多按照作战序列，编为第几阵几号船而已。不过，孙贵是个例外，为了纪念金门海战的胜利，他偷偷地将自己的旗舰命名为“金门号”。
见敌将这么点人，竟敢向自己的旗舰杀来，孙贵倒也佩服，骂了句：“这狗鞑子恁大胆！”
挂起令旗，令王胜、蔡禄率百艘船阻击，杨好、刘巧各带百艘船从左、右两翼包抄。
梁化凤狂，是有倚仗的，他的六十艘船皆是清廷建造的新船，采用了部分西夷技术，造得既修长又流线，帆还大，具备绝佳的航行能力与灵活度，有点类似于当时西夷的巡防舰。
优点是灵活、速度快，缺点嘛，火力弱了点。
“轰！轰！轰！”
王胜、蔡禄的船队对着梁化凤的船队猛轰。
“全速前进”，梁化凤挂起了令旗。
清舰一边开炮还击，一边向着孙贵的座舰，全速前进。
不断地有船只被击沉，付出了十余艘船的代价，跃过了王胜、蔡禄的船队，梁化凤逼近了孙贵。
“哟，鞑子又造了一种新船，得赶紧通知兵部武备司舰船科”，孙贵眼一眯，接着下达军令：“右转舵，列阵阻敌”。
身为旗舰，周围自然不可能没有船护卫，他的身边还有八艘一号大福船、十艘二号大福船。
见到旗舰的令旗，各舰立即由纵队变横队，二号大福船居前，一号大福船居后，排成两排，阻击敌船。孙贵的旗舰横在一号大福船之后。之所以躲在后面，可不是孙贵怕死，而是身为旗舰，肩负着全军安危，不可轻易冒险。
“轰隆！轰隆！轰隆！”
明军用侧舷炮轰击清军，船更大，炮更多，仅孙贵的座舰就有三十多门炮。
激战了半个时辰，清军损失了十余艘船，却只击沉了明军的三条船。
刘贵沉稳地下达军令。
“令杨好、刘巧迅速包围敌前队！”
“令王胜、蔡禄迂回包围敌后队！”
梁化凤的船队除了前队六十艘新船外，还有后队崇明水师的五十艘旧船。王胜、蔡禄接令后，迅速围歼了清军后队。
杨好、刘巧的船队包围了梁化凤所在的前队。
梁化凤见势不妙，掉头后撤，来不及了，四周全是明舰。
“嘭！”
一艘大鸟船贴上了他的旗舰，放下几块木板，杨好率一队刀牌手冲向梁化凤。
刀对刀，两个武士单挑。
梁化凤是武进士，武艺比杨好高。可他是半路才由陆师改成的水师，水性远远比不上杨好，又急着逃命，胆气怯了。打了一会儿，被杨好劈落于海中。
尸体和战船碎片，飘浮着，崇明海战结束了。明军以伤亡一千多人的代价，歼灭了五千清军水师。
胜利，临近南京的胜利，令定海侯孙贵热血贲张，情不自禁地唱起歌来：
萧萧海风，
滔滔海浪。
忠勇将士兮，扬帆海上。
奋进，奔南京奋进，
勿忘太祖建都之荣光。
煌煌大明，
纠纠炎黄。
万众一心兮，护我海疆。
奋进，奔南京奋进，
血洗国耻吾辈之担当。
冲！冲！冲！
誓死拼杀出国祚万年长。
孙贵没料到，他激动之下，随口所唱之歌，后来成为了大明水师军歌，被朱亨嘉赐名为《海风歌》。
??
嘉定城外，王燝惊呆了。明军攻下了崇明岛，意味着他的吴淞水寨陷入了极其不利的境地，面临着东面明军和西面义军的两路夹击。
不行，得将水寨换个地方！
王燝对着军图沉思，最后用指背对着一个叫三丈浦的港口，重重地敲了敲。
这个地方好！在苏州境内，并没有离开自己的辖区；又卡着长江水道，可以阻止明军由崇明入长江；最重要的是地形好，在三丈浦不远处的江段，有江心岛，可筑炮台，三丈浦东边又有虞山可以依靠。
王燝是宿将，做事雷厉风行，立即找苏州总兵王辅臣商量。
“贤弟，明军水师数万，已夺崇明。贼势方炽，吴淞水寨两面受敌。吾意移驻三丈浦，以遏贼入长江之势。请王兄守住吴县、常熟，以待江宁援兵”。
王辅臣嘴巴发苦，王燝是水师，只要阻止明军从长江攻入江宁，便算不得大错，自己却是陆师，这么一搞，等于是把整个松江府和大半个苏州府都让给明军了。万一朝廷怪罪，可如何是好？
仿佛听见了王辅臣的心声，王燝说道：“吾会就明军势大、我军兵少，不得不退守要地一事，上疏替贤弟辩解的”。
听王燝如此说，王辅臣同意了。
二人皆是久经沙场之辈，留下少数兵马虚张声势，领着主力撤到三丈浦、常熟、吴县一带。
清军撤走三天后，嘉定城里的刘孔昭、姚志倬、白守富诸人，才得知朝廷水师攻下崇明、嘉定解围的消息。急忙登崇明岛，拜见孙贵。
孙贵安抚完众人，又打探到了清军主力退往常熟、吴县，松江府空虚的消息。
立即兵发松江府，攻占了上海、华亭、清浦各县，除金山卫有清军杭州副将张国勋带兵来援外，整个松江府皆落入明军之手。
声势一起来，可不得了，又有义士沈祖孝、范风仁、金瓯、朱临、叶继武、吴珂等领义兵来投。
苏州、松江二府，大大小小的义军达到了两万之多。
孙贵令总兵蔡禄领三千战兵驻守上海，其他各地均交给义军驻守，自己则领着主力驻守崇明。
朱亨嘉给他的军令是攻占崇明岛，袭扰清长江水道，而不是占领陆上各府。攻占苏州、松江，不过是搂草打兔子的顺带行为。