元帝开始来到建康，统治江东的时候，正是西晋沦丧，王权微弱之际，王导和堂兄王敦同心同德，竭尽全力，拥戴和辅佐元帝，元帝投桃报李，也推心置腹，重用倚仗他们。
但是后来事情的走向，越来越难如人意，王敦总领征讨军事，把控军事大权，王导把持机要政务，朝廷之事，尽在掌中，门生子弟多如牛毛，各自占据显要的职位，感觉这不是司马睿的朝堂，而是琅琊王氏的天下。
所以当有这样的说法：“王与马，共天下。”之前说是褒奖，越往后，越变味了。
后来王敦自恃有功，野心勃勃起来，而且宗族势力强盛，一手遮天，越来越骄恣跋扈，不把元帝放在眼里，元帝因此日益畏惧而憎恶王氏。
他是有一番规划的，江东根基稳定，他要挥师北伐，归附晋室江山，可是王敦这些人根本没有这个想法，他还调动不了他，于是想任用保皇党，提拔刘隗、刁协等人作为心腹，逐渐架空琅琊王氏，抑制和削弱王氏的职权，他这么想也没错，谁不想自己的朝堂，自己说了算呢！
司马睿和王导也逐渐疏远，不那么亲密无间了。
这时中书郎孔愉看出了问题，向元帝陈述王导的忠贤，不应该被疏远，念之辅佐王室的功勋，没有王氏就没有江东根基，应当加以任用，元帝大为光火，不爱听啥，非说啥，你知道我要干什么啊？于是找了个借口将他贬黜，做了司徒左长史。
王导确实从内到外，骨子里都是名士，能够看淡所有，听任自然，同时安守本分，淡泊名利，他这种性情澹泊的劲头，了解其为人的，没有不称赞的。
但王敦却不能忍受这个情况。给王导去了一封信，意思是，什么情况，被冷落搁置了？要不要哥带兵回去？
王导看完信，微微一笑，把信撕了，在家里养养花，看看书，难得逍遥自在。
王敦见王导没搭理自己，更加对司马睿心怀不满，于是君臣之间产生了巨大的裂痕和矛盾。
王敦直接给元帝上书，期间言辞激烈，为王导鸣冤叫屈，当然也显示出颇多怨恨。没想到书文落在了王导手里，他马上加了封印，退还给王敦，并嘱咐王敦不要为他争执什么。
王敦一看，不能经过王导了，于是又遣使直接奏上。
此时朝中有宗氏谯王司马承，为人忠厚仁义，品行端方高洁，元帝特别亲近信任他。
谯王司马承也是晋王朝一个边缘得不能再边缘的王爷，他本是司马懿之弟谯王司马进之孙，在前期八王之乱之中，今天混这个阵营，明天又混那个，跟哪个都是喝茶的，光看热闹不伸手，也正是因为如此，八王谁也没留意他，他反倒活了下来。
司马睿南渡前，他还在北方当这个将军，哪那个将军，没什么依靠，有时候得需要依傍当地豪强割据势力存活，看人家眼色。
司马睿称帝以后，司马承立刻带兵过江，回归宗氏，来到建康”。
亲不亲一家人，司马睿见到司马承，可真是两眼泪汪汪的，大家都不容易，作为司马家的人，还能活着见面，太不容易了。
元帝连夜召见司马承，把王敦的上疏拿给他看，心情抑郁至极，说：“王敦近年来的功劳越来越大，但是现在的职位也经够大了，简直封无可封了，但他的索求却还没有止境，心思一目了然，所以才能说出这样的话来，如此怨恨如此傲慢，现在怎么办呢？”
司马承也对王敦大为恼怒，说道：“陛下总是念及旧情，心地柔软慈善，不早点处置他，我劝了陛下多次，您都下不了决心，以至到今天的地步，照这个情况看来，王敦必定会成为国家的祸患，不一定是哪一天的事，他所畏惧无非两人，周访一死，还剩一个祖逖，如果祖逖将军再出事，他必反无疑！”
晋元帝于是更加忧心忡忡。
之后刘隗来见元帝，为元帝出谋划策。
刘隗来喜好文史，为人严谨，颇有文才，又聪慧贤德，善于探人心意，很受司马睿的器重，于是引为心腹大臣，升任左丞相，任丞相司直，委以刑宪重任。
当时，建康尉按照律例，收捕护军军士，却被护军府戴渊擅自夺回。
刘隗不惧强权，弹劾戴渊，上奏元帝，请求免其官职。
他执法严明，从不看人行事，世子的手下官员竟然在守丧期内不遵礼法，进行婚嫁，刘隗也内换着，一律予以奏劾，所谓皇权至上，没人维护那还了得。
即使这样，也有不在乎的，总想我行我素，庐江太守梁龛就是一位，平时有些名望，居然在为妻子服丧期间，大开宴席，宴请丞相长史周顗等人。
这是绝对不被允许的，老婆都死了，乐呵喝啥劲呢，再说，你背着点人啊！
刘隗一看，这是顶风上啊，正愁找不到大家伙下手呢，你就送上门来了，绝对不能通融，奏免梁龛官职，并削其侯爵，让他长长记性，以明丧服之礼。
这顿酒喝得，把侯爵给喝没了！
而周顗也就是那位大名鼎鼎的周伯仁，还有一干人等，明知梁龛居丧，居然不加劝阻，仍赴其宴会，知法犯法，罚俸一月。
后来，周伯仁之弟周嵩嫁女，周伯仁门生闹事，砍伤了建康左尉。刘隗再次弹劾周顗管教不严，使得周顗被免去官职。周伯仁不得以总布衣身份做吏部尚书，听起来好像有点搞笑。
刘隗给元帝出的主意就是派出心腹以镇守各方各面，只要出现空缺就不能再让王敦安插人手了。
适逢这时，王敦上表，也是人员安排之事，原来王敦早年征召吴兴人沈充为参军，这沈充绝非善类，最会阿谀奉承，沈充又把同郡人钱风推荐给王敦，这个更是凶狠狡诈之人，王敦任用他为铠曹参军。
但凡小人都是一般心性，最会察言观色，洞察人心，他俩知道王敦心怀异志，暗地鼓动，并且也为王敦出谋划策，同时给自己捞取好处。王敦宠信他们，也是谁不喜欢忽悠自己的人呢，二人权势倾重内外。
王敦想用沈充，出任湘州刺史，代替甘卓。