葡萄牙人选择了投降，这座号称远东海边第一坚城的城市，在明军优势兵力猛攻之下，在两日之内沦陷，成为了明军的战利品。
葡萄牙人应该是后悔得吐血，悔不该听荷兰人教唆，以致激怒了明帝国，失去了他们最重要的贸易重镇。
马六甲由于其紧扼马六甲海峡，自古以来即是兵家必争之地，从葡萄牙人、荷兰人、英国人到后来的日本人均统治过这个控扼太平洋和印度洋的咽喉。即使现在马六甲也是世界各国争夺的焦点，尤其是马六甲海峡控制着大明、日本和朝鲜的资源要道，即使是后来，也是世界十大黄金水道，控制了这里，让他们获得了地区的霸权，获得了惊人的利润，现在这一切成为了过眼云烟。
庞大的舰队，浩浩荡荡的开进宽广的麻河河口，北岸沿河是郁郁葱葱的密林，南岸可见雄伟的城堡，一间面对麻河的高高尖顶教堂，河旁还有海港局，高大的雨树，欧式的砖屋，贵族的庄园，有围栏，有整齐的树木。这城堡、教堂、欧式砖屋等显示，在马六甲的葡萄牙驻军、商人和教徒人数不少。
不过现在他的驻军，过半被果阿总督抽调，前去攻打吕宋国，现在剩下的，大多战死，一部分向明军投降，往日风景如画的马六甲城浓烟滚滚，成为了一片残桓断壁，街上巡逻驻守的，是一队队的明军。
明军披着板甲，手持火枪，刺刀寒光闪闪的，给人以极大的威摄。
从1511年7月24日葡军对马六甲发动第一次总攻，到8月10日末代苏丹马哈茂德带着家眷和财宝逃跑，马六甲由于经济繁荣长期缺乏战争的经验，不到一个月就亡国了。马六甲的苏丹王、贵族、乌里马、传教士、商人、工匠、士兵、海员水手们，逃亡分散到北大年、柔佛、亚齐、苏拉巴亚、文莱等地，因为这些原本就是***教徒马六甲臣民，刺激了各地的港市国家的兴建。这些港市国家各别拥有三万到五万人不等的人口。
苏丹王在败走后的十五年期间，并未曾放弃夺回马六甲的念头，也不断地派出军队进攻马六甲，葡萄牙人也持续给予还击。因为苏丹王所领的马来人，一直都是葡萄牙人在马六甲的威胁，于是葡萄牙人主动出击，追杀苏丹，但是都被马来人打了回来。
后来葡萄牙人有了从印度来的舰队支援，不但攻陷了孟加拉国，接着进攻苏丹王控制地区，苏丹王也见向大明求救无效，于是死心，再也终于不再派兵侵扰葡萄牙人的马六甲。
马六甲苏丹王国的灭亡并不意味着马六甲作为港口的衰落，马六甲对于葡萄牙人的战略布局来讲，非常重要，为了防止马六甲王朝的残余势力反攻，葡萄牙人在圣保罗山下开始修建城堡，他们改建了苏丹王宫、拆毁了清真寺和历代马六甲国王的陵墓，依山傍海用石块搭建起塔楼和防御城墙，1512年1月竣工。据说在建造之时所有的石块都采自爪哇海底的陨石，并以葡萄牙保护神的名字命名为法摩沙堡，意思是精美之城。
城墙厚达三米，墙内设有城楼和炮台。号称“东南亚最大和最坚固的堡垒”，以保护自己的臣民和香料贸易，葡萄牙人要让马六甲繁荣成重要的商业贸易中心，以符合葡萄牙人在东方的利益。
抢人者人亦抢之，现在马六甲城又落入了东方人之手。
郑芝龙命令部队进城，肃清残敌，整理治安，最重要的还是接收葡萄牙人的财产，当年葡萄牙人占领此地，这可是纵兵大掠，还进行了屠城，但是郑芝龙没有这么干，不过将敌人的财产收为国有则是必须的。
葡萄牙人驻马六甲城的副总督伊利亚被押至了郑芝龙面前，他是目前葡萄牙人的最高长官，他向郑芝龙提出了严正的抗议，他大声道：“明人无故攻打我马六甲，这是违反两国邦交，有失礼仪之邦的风范。”
如果是别的将领和官员，一定会和他讨论一番，这应该怎么怎的，但是郑芝龙海盗出身，干惯了打家劫舍的勾当，他说道：“马六甲是你们从马来人手上抢来的，凭什么我们不能抢你的？”
伊利亚道：“马六甲苏丹乃一野蛮人，他们扣留我们商船在先，才招来我们的报复，这是正义的行为？”
郑芝龙道：“随后的洗劫和屠城也是？兄弟们准备好刀子和口袋，准备洗城。”
伊利亚大惊失色……
郑芝龙冷冷道：“我们这是完全的效仿你们，你们怎么干，我们就怎么干，不管你们高兴与否，爷就是干了。”
伊利亚只觉得眼前一片灰暗，完蛋了，一切完蛋了。
他们的东方贸易，其实是倚仗船坚炮利，跑去抢，支撑这理论的，其实是强盗逻辑，侵略主义。
不过，抢人家的，不劳而获，肯定很爽，但人家抢你的，这就肯定不爽了，伊利亚看见郑芝龙下令，收归葡萄牙人一切财产，所有葡人贬为奴隶，他抗议无效，愤然自杀。
马六甲海峡第一重镇，马六甲城，落入了明军黑水舰队控制之中，郑芝龙并没有急于抢劫，而是下令布防，修筑阵地和炮台，以准备迎接葡萄牙人可能的反扑。
至于城中的葡人物业财产，这些东西又不会跑掉，那些乘机抢劫的，也被明军当众打死，尸体吊在城门口，极大的震摄了那些蠢蠢欲动，准备趁火打劫的地痞流氓。
郑芝龙骂娘道：“不长眼的狗东西，抢到我郑一官头上来了，不知死活！”
马六甲是一个商业城市，也是葡人在安达曼海以东最大的基地，这里有全套完整的设施，有巨大的港口码头，吞吐量亚洲前五，同时也拥有船厂，可以制造克拉克一级的大船，也可以对盖伦船级别的大船进行维修。
在城中还拥有钢铁厂、兵工厂，可以制造火枪和大炮。
现在大明的火枪，己远远的优胜于西方，己进入燧石击发时代，对于西方佛朗机人的燧发枪，因为制式不同，他们根本看不上眼，但是他们的佛朗机炮和红衣大炮真心不错，制造水平和技艺在大明之上，毕竟大明是向他们偷师的，技术转让的，他们在圣保罗山上的炮台，俯视整个港口，也就是朱雀营突袭了，让他们没有发挥作用，这才让郑芝龙他们轻松攻入，如果是他们正常发挥，明军死的人肯定更多。
郑芝龙当即命人接收了钢铁厂和炮厂，对于这些技师，他们相当看重，先扣了再说，当年成吉思汗大军横扫世界，每占一地，就是先抢了当地人的工匠，其它的，该杀就杀，没有什么好犹豫的，这让蒙古人拥有强大的制造能力。
郑芝龙在接到上面的指示之时，也有重点要求，这是把马六甲兵工厂优先接收，优待这些工匠技师们，所以郑芝龙第一时间接收了兵工厂。
郑芝龙这次大举出动，舰队+陆战人员，总兵力一万多人，舰队尚有余力，但以四千多人的陆战队控制偌大一个城市，这就相当的吃力，他派出了大量的武装水手支援，这才控制住了场面。
在第二日，他们后续们支援部队到，押阵的是李旦，同行的有二十艘主力战舰和三千陆战队员。
李旦在黑水舰队的威信相当高，完全是灵魂人物，又是这支舰队在朝廷的代表人物，郑芝龙连忙出十里相迎，坐小船而出，登上了李旦的旗舰飞鱼号，拜伏于地，他得意洋洋的道：“拜见义父，孩儿幸不辱命，拿下了马六甲，请义父检阅。”
李旦一身坐蟒袍，威风凛凛，大刺刺的坐在指挥使宝座之上，干咳了几声，相当不悦。
郑芝龙顿悟：“拜见指挥使大人，下官幸不辱命，拿下了马六甲，请大人指示。”
李旦欣然道：“好！干得不错，众将官辛苦了，本官自当奏明圣上，为诸将官请功。”
郑芝龙忙道：“大人辛苦了！下官设下酒宴，为大人接风洗尘。”
李旦拱了拱手，说道：“有劳！“
郑芝龙忙上前伺候，李旦放下了架子，说道：”一官呀！你也是一个官面上的人物，堂堂五品锦衣卫千户，有头有脸的人物，须得注意自己的官家威仪，没得让人笑话，咱们不识礼数。”
郑芝龙道：“大人教训的是，下官铭记于心。”
李旦看见马六甲城己在明军掌握之中，圣保罗大教堂上飘扬着明军日月旗，也有代表黑水舰队的飞鱼（飞鲨旗），十分欣慰道：“这差事办得不错，给本官长脸了。”
郑芝龙道：“两日拿下马六甲，我方伤亡一千四百人，葡人伤亡三千，俘虏了七千，都是马来人、印度人、日本浪人为主，正关押在军营之中，听大人发落。〞
李旦道：“这一点本官自有章程，先进城瞧瞧。”