黑水舰队主力突然而至，这可是趁葡萄牙人之虚，对他们压着了打，他们拒不投降，郑芝龙立即下令，全面炮轰，在不到半个时辰之内，热闹繁华的马六甲城变成了火海，浓烟滚滚，直冲天际。
葡萄牙人扣押了不少大明人，准备作为人质的，让明军投鼠忌器，不敢乱来，不过他们这是明显的想多了。
郑芝龙毫无顾忌，直接下令开炮，炮击马六甲，他的任务是拿下马六甲，其它的事，与他无关。
他的参谋官员和情报官员们也故意不提，俗语说，不知者不罪嘛！谁能知道在万里之外的番邦，有大明人呢？而且，大明不是禁海吗？理论上海外没有大明子民，所以大家是心照不宣，先打了再说。
马六甲城有两座巨型炮台，它们居高临下，对港口上的战舰威胁不小，是保护马六甲城的第一屏障，也是最重要的，但是他们的炮台，一开始就哑火了，没有发挥作用。
阿齐兹几乎气坏了，厉声问道：“为什么不开炮！为什么不开炮！”
侍从官道：“报告总督大人，炮台受到攻击！”
“什么？城里的明人干的？都拿下了枪毙！”阿齐兹道。
炮台位于跨河大桥之后，大桥上布有重兵，可以抵挡住敌人，现在敌人还没有展开陆攻，这只有一种解释，就是敌人的奸细作乱。
侍从官道：“应该不是！他们火力太猛了，己攻入了狮子山炮台，炮台的官兵在拼死抵抗，己经发出两次求救了！”
阿齐兹大惊失色：“才一个小时，两次求救！对方有多少人……？”他才说完，就看见狮子山炮台上飘扬的国旗被扯了下来，升上大明的日月旗，阿齐兹不敢置信，说道：“怎么可能，上面可是有三百三十人呀！”
三百三十人守卫的炮台，一个小时就团灭了，这也太吓人了。
这是早己潜伏于此的朱雀营出手了，他们在开战前潜入城中，在情报人员的支援下，制订了作战计划，黑水舰队炮击城市，他们同时发动进攻，趁其不备，从后面发动进攻，一举拿下，他们调整炮口，轰击城区，这马六甲城顿时悲剧了。
在黑水舰队的火炮掩护下，一队队陆战队登陆到了外港附近，他们在逼退了这一侧城市守军后点燃了几座房屋，并将港口内的葡萄牙人的船只全部焚毁，而大明人的商船则不在攻击范围内。
阿齐兹匆忙派使节来道歉，一方面释放了他们扣押的大明人，另一方面同意向大明人道歉，并保证撤回攻击吕宋的军队，并且向上请示，如果上面同意，他们将会投降。
兵不刃血夺城，这是一个不错的主意，不过郑芝龙突然发现对面的守军营地内旗帜飘扬。于是他果断命令舰队向那个方向开火，试探已经准备充分的守军到底聚集了多少兵力和大炮。
当时，大批葡萄牙军队和仆从兵己经在总督府和要塞布防，并用栅栏封锁了大桥，在阵地上部署了大量火铳与大炮。郑芝龙决定对这个地方发起强攻。他自己率领大部分登陆部队从城市的另一侧登陆，同时让另一队士兵从桥的另一侧登陆，在舰船火炮支援下发起夹攻。
发现大明军登陆的马来守军立即开始开炮射击，但远距离的射击并没有什么效果。在他们打完第一轮后，黑水卫队士兵组成方阵，冲向桥上的守军，守军继续在盾牌兵的掩护下，用弓箭和吹管朝着他们射出带有毒药的利箭。
身披板甲，头戴钢盔的明军并不理会这些箭矢，直接杀到了栅栏跟前，用火枪和佛朗机炮攻击那里的守军，并利用两面夹击的优势，成功占据了桥头和教堂。
阿齐兹看见形势危急，忙派出早己埋伏在一边的1000名爪哇士兵杀出，袭击了葡萄牙登陆部队的后方。但他们在明军的火枪与弩齐射下迅速溃败，不少人慌不择路的选择跳海逃生。
从桥头溃退下来的守军这时在城防司令菲戈上校的带领下，重整旗鼓。这位年轻的贵族指挥官十分胆小，带着军队从城市内的小山撤退。
一群明军分队主动发起追击，逼迫菲戈带领部队进行反击，菲戈率领五十名骑兵，疾冲而来，试图冲乱明军队形，然后夺回大桥。
谁知明军推出两门勃朗宁机关枪，进行了猛烈的扫射，菲戈出师未捷身先死，倒在了血泊之中。
同时，已经占据桥头的郑芝龙下令建立了新的的栅栏开始攻城，并顺着风势纵火焚烧依然有大批守军抵抗的总督府。
但这些措施并不能迫使守军撤退，他们继续用大量火铳大炮明军射击，使得后者无法完成自己的栅栏工事，不得以之下，郑芝龙下令撤退，死守大桥另一端。
趁着明军的撤退，葡萄牙守军猛政大桥。他们修复了先前被打坏的栅栏，并将更多大炮部署在这个关键阵地上，这让争夺大桥的明军死伤惨重。
郑芝龙见形势不妙，下令明军的战舰再次齐轰大桥一侧，无数炮弹从天而降，炸得葡军及其仆从兵们死伤惨重，二千料战船海虎号上的高耸艏楼，进行火炮射击，每一次齐射，都掀起了一次又一次的腥风血雨，守军从内港出动了大批火船，希望焚毁这些大帆船，但被早有准备的明军逐一化解。
双方为了争夺大桥，进行了一夜血战，通宵战斗不断，杀声冲天。
阿齐兹本想下令炸毁大桥，但想起对方海军占据绝对优势，炸了只会自己吃亏。
次日凌晨，明军再次发起攻击，数艘主力战舰趁着涨潮接近要塞附近，用侧翼的火炮和塔楼上的各种武器压制要塞里的守军火力。另外十艘战船贴近海岸，掩护登陆部队再次出击。
这些陆战队再次顶着守军的密集火力，击破了栅栏附近的守军，将对方逐离大桥区域，成功的占领了这一战略要地。
一些明军战船从大桥下冲入了内港，并帮助登陆部队建立了新的炮兵阵地，由于不少守军躲入街道后从屋顶向冲入街道的明军射击，明军再次纵火焚烧城区，舰队与炮兵则继续对着总督府和要塞不停的射击。
总督府和要塞在明军连续不断的炮击之下颤抖，事己至此，可以说是大势己去，除了葡萄牙还在拼死抵抗之外，大批的马来雇佣兵和印度雇佣兵纷纷放下了武器，向明军投降。
明军也依照承诺，只是暂时扣留，没有枪杀他们。
外族雇佣兵们投降，让葡萄牙人的处境更加艰难，他们退出要塞，死守总督府，郑芝龙命人暂缓进攻，从各处调来了大炮，对着总督府猛轰。
总督府前身是马六甲王国的王宫，马六甲灭亡之后，改造成为了总督府，这既是葡萄牙人在马六甲的最高权力机构，也是一个要塞，可以容纳二千多人，它地势险要，易守难攻，葡萄牙还在里面准备了大量的粮食，可以长期坚守，他们是计划死守，等待远征军归来，里应外合，击退敌人。
但是明军又是炮轰，又是用投石机投放猛火油，府中大火处处，浓烟冲天。
这个势头，那里挡得住多久？阿齐兹是命令拼死底抗，但无奈士兵们士气己散，军心大乱，纷纷投降，阿齐兹制止不了，吞枪自杀。
在总督自杀之后，士兵们再无犹豫，升了白旗，放下武器，向明军投降了。
这时年代葡萄牙人对亚洲征战，虽然守军往往人数众多，武器也并不落后，却依然无法抵御新来的欧洲征服者的攻击。葡萄牙人作为当时世界上最好的海军力量，不仅在海面上占据优势，还在一系列登陆攻城作战时表现了欧洲战场上磨练出的高素质，往往可以一战而下，当年葡萄牙人攻击马六甲城，守军的武器并不比他们逊色，人数更多，但在出色的战术和海陆协同之下，确是被轻易击败，现在是倒转过来。
马六甲城虽然在不长的时间内被攻克，但其防御武备依然属于当时的亚洲顶尖水准。作为一个靠着贸易交流为生的国际化大都市，葡萄牙人可以通过海运获得当时最为先进的武器，并雇佣地区内外的专业士兵来担任守军。
但他们葡萄牙人实在太少了，招来的雇佣兵表现并不出色，军事现代化并不能在根本上改变当地军事实力偏弱的本质。无论是新式的欧洲火炮还是印度的战象，又或是传统的毒液弓箭，都无法弥补士兵素质与指挥系统滞后的缺陷。
当然在许多人的眼里，马六甲城绝对是一座难以强攻夺取的坚城。守军的专业士兵、和新式火炮都是当时的许多南洋军队没有或欠缺的。
但他们还是被明军攻下了，明军在人数、战舰和火枪方面占有优势，他们的火枪，射程更远，射速更快，让葡萄牙人吃尽了苦头，每一次交战，死伤都极为惨重。
在明军的猛烈打击之下，葡萄牙人在东方最重要的贸易重镇沦陷了，马六甲城上，升起了明军的日月旗。