经过两年多的休养生息，钱粮充足，军队训练有素。光武大帝决心北伐了。
他有气魄，一出手便是大手笔。
主战场：两淮中原地区。亲领二十万大军，御驾亲征。第一目标攻占长江以北的南直隶诸府；第二目标逐鹿中原，剑指河南、山东；寻机窥视北直隶。
分战场：湖广地区。拜严遵诰为征虏大将军，刘文秀为征虏副将军，领兵六万，先攻打清宁南靖寇大将军罗托、镇国公巴布泰驻守的黄州、德安二府；再攻打尚可喜盘踞的襄阳和郧阳。
分战场：四川地区。拜范友贤为平虏大将军、李定国为平虏副将军，领兵六万，先攻灭盘踞在保宁府的李国翰、李国英，再扫平割据于龙安、松藩一带的吴三桂。
辅战场：辽东地区。封杨怀为平北将军，领荡胡伯阮进、平西伯王朝先、参将陈泽等部三万兵马，入驻朝鲜身弥岛。攻占皮岛，袭取义州，威胁满清关外三京。又令辽东总督佟养甲随征。
这四个战场，两淮中原战场和四川战场，明军的兵力都占优势，唯有湖广和辽东战场是以少打多，朱亨嘉特意叮嘱严遵诰、杨怀，不要贪功，稳扎稳打。
出征的时间定好了：光武三年（1655年）五月四日。
又令老将严天凤留守南京。
之所以选这一年出征，是因为遭灾了。两年前，中华大地发生了寒潮，极冷。《北游录》记载：1653年十一月十八日运河冰冻，南方的吴江运河结了冰，北方的运河冻得如同平地。
北方是重灾区，雪下平地三尺余，雨雹大者如盘、小者如碗，人畜多冻死，还伴随着地震、干旱（小冰河期特点，冬天寒潮、夏天干旱）、疫病。
南方也受了灾，江西有一种作为贡品上贡的柑橘，因为天冷，被冻死了，不得不换上另外一种桔子种。不过总体上比北方还是好很多。湖广、江西、南直隶粮食产量稍有下降，浙江、福建、广西、广东产量持平，云南、安南居然还大丰收。
又有大量来自暹罗、南掌、真腊、安南、广南、占城等国的粮食。朱亨嘉可不缺粮。
鞑子缺粮，我大明不缺粮，趁他病，要他命。便将出征日期选在了光武三年。
本来派往辽东的将领名单中没有陈泽，但是陈泽因为不满高明贵受降后又屠城，上疏参了高明贵一本。这个事，从道义上，朱亨嘉是站在陈泽这一边的，我泱泱大国，做事怎么能不讲仁义呢？可是台湾乃是未开化之地，若没有高明贵这样的狠人镇着，朕还真有些不放心。
于是各打五十大板，下旨斥责了高明贵，又把陈泽调往辽东作战。这也有保护陈泽的意思。陈泽乃是朱成功旧将，而高明贵却出身“大西贼”，本来就不是一个派系，留在台湾，难免吃瘪，不如调到辽东。这可是员虎将，不用他岂不是浪费了朕的锦袍？
明末武人跋扈。为了防止武将弄权，朱亨嘉特意在军中搞制衡。大明军队隐隐分为两广旧将、大西军旧部、闯军旧部、鲁监国旧部、郑氏旧部、李成栋旧部、金声恒旧部、降将等各个山头。
每次出征，都往各山头间掺沙子，不使一枝独大。比如出征台湾的军队，就有高明贵这样的大西军旧将；也有郑彩、杨朝栋、陈泽这样的郑氏旧将；还有陈奇策这样的两广旧将。如此，主帅对部下的掌控便弱，想谋反便不容易。
对特别大的山头，比如大西军旧将，又分而化之。原先，孙可望、李定国、刘文秀在大西军中地位相等，朱亨嘉故意给李定国封国公，却只给孙、刘封侯，分化三人。又重用地位较低的大西军将领，如白文选、高明贵、贺九义、王国玺等，压制孙、李、刘。很快就把这些小山头整治得服服帖帖，围绕着皇帝这座大山转。
此外，还坚持军政分离，军队只管打仗，无权插手地方事务。几下一搞，武人再也跋扈不起来了。帝王之术，用之极矣！
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大军将动未动之际，发生了一件可乐事：满清的顺治帝居然派人来议和了！
持续了近两年的寒潮，沉重打击了满清的经济。国库空得可以跑老鼠，人口锐减。曾有学者研究，1655年全国人口由万历年间的两亿多，降至一亿两千万。数据未必准确，人口锐减肯定是真的，尤其是北方，人口数量下降得更快。受圈地令、寒潮影响，百姓纷纷由北往南逃难。
顺治帝和他娘昭圣皇太后一商量，决定施展缓兵之计，派使臣与明朝议和，划江而治。不一定要谈成，只要能拖住明军，等到明年，天气转暖，便能喘口气了。
清使兵科副理事官张学礼（从五品）、行人（九品）王垓来到了南京。
“卿等怎么看这虏使来京之事啊？”
朱亨嘉笑着问众臣。
“陛下，虏使官职甚低，毫无诚意，不可相信”，孙金鼎说道。
“陛下，虏使官职低，恰恰说明他们真心想谈，若派高官，反倒可能是迷惑我方之举。臣以为清虏的情形不好，所以想通过和谈，争取时间”，郑封也开了口。
“哈哈哈”，朱亨嘉放声大笑，痛快之极，“鞑子想和谈，哪那么容易？朕要把他们一扫光！”
孙可望笑道：“陛下，是否把他们赶出京？”
“不”，朱亨嘉一摆手，“好好招待来使，答应他们的条件。然后，打他们一个措手不及”。
大明次辅孙金鼎、通政使钱炜、礼宾院侍郎孙可望热情友好地接见了虏使张学礼和王垓。
通政使这个职务蛮高，正三品，掌内外章奏和臣民密封申诉之权。明初时权很大，但因为后来有紧要奏疏直送御前，再加上密折的普及，便成了“清淡衙门”。朱亨嘉不想让大臣太闲，便让钱炜也参与接待。
根据朱亨嘉的圣谕，孙金鼎等人对张学礼和王垓十分客气，请吃请喝，一口答应和他们划江而至。
可当虏使提出签定和约时，孙金鼎又以虏使官职太低回绝了，要其回北京换个一品大官过来签。
张学礼和王垓开开心心地返回北京，很开心。朱亨嘉令人送给他俩很多土特产，让他俩把自己的和谈诚意带给顺治帝。
虏使没料到，他俩离开南京三个月后，大明的北伐便开始了。
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中华是礼仪之邦，凡事都讲究个名正言顺。打仗之前，需要作一篇声讨对方的檄文，以表明自己发动战争的正义性。
古往今来，这方面名作不断。什么《为袁绍檄豫州》、《檄吴将校部曲文》、《为李密檄洛州文》等等。
朱亨嘉令御用大文人何吾驺、黄宗羲、王夫之、顾炎武、朱之瑜等人各写一篇，择优选用。结果，黄宗羲所写的檄文令他最满意，遂令昭告天下：
《光武帝奉天讨虏檄》
大明光武皇帝奉天讨虏，檄谕大江以北华夏之民曰：
甲申以来，中国不幸，皇纲覆坠，鞑虏肆虐，遂使大地陆沉，中原板荡。大好山河，异族盘据；灵秀之胄，杂以腥膻。夷我陵寝，易我衣冠，屠我百姓，掠我赀财。处处金钱鼠尾，胡衣猴冠，欲使中国之人，忘其根本。种族沦亡，近在眼前。凡有血气者，莫不欲啖虏之肉，饮虏之血。
自古皆文明制野蛮，未闻野蛮制文明得长久者。故蒙元倡乱，我太祖一战而定。古人云：胡虏无百年之运，信乎不谬。况我中华，自唐虞三代以来，五千年礼义文明，譬如旭日，照耀四方。岂有以中国六合之大、九州之众，一任鞑虏横行，变衣冠为犬羊之理哉？
天运循环，华夏中兴。驱除鞑虏，恢复中华，立纲陈纪，救济斯民，正其时也！朕本广西封藩，不忍见华夏沉沦，祖宗蒙羞。为众所推，起义师于桂林，尔来十年矣。秣马厉兵，浴血奋战，拯生民于涂炭，复汉官之威仪。今大江以南，尽皆收复，祭拜孝陵，剑指北京。非朕好战，盖神州大地，岂容久污膻腥？故率义师，廓清寰宇，雪中国之耻，尔民体之。
倘有血性男儿，号召义旅，助朕北伐，朕引为股肱，编为正军；倘有忠义贤良，捐银助饷，朕旌节表彰，流芳百世；倘有屈节事虏，又幡然悔悟，杀虏而降者，朕皆赦其罪，并视其功绩，封授官爵；倘有被胁投虏，临战弃械者，一概免死。如蒙古、女真、缠回等族，有能知礼义，愿为中华臣民者，视之一体。
嗟尔建奴，气数已尽。报仇雪耻，尽在此时！布告遐迩，咸使闻知。敬哉，特谕。
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人心在明，谁无汉思？北伐檄文一出，立即四方流传。长江以北，心怀明祚的义士无不振奋，积极谋划策应王师。