杭州光复的消息传至南京后，朱亨嘉大喜，作《踏雪行·赐严大将军》一词曰：
千里钱塘，何人能渡？
横刀立马封平虏。
尸横遍野鬼声残，凄凉胡运黄泉路。
聚少离多，红豆何苦！
盼卿早日归南都。
登高揽胜雨花台，江南已是春无数。
和这首词一起到的，还有一道令严天凤率八万陆师、两万水师北上南直隶的圣旨。
自古守江必守淮，淮河一带仍在鞑虏手中。不在南直隶驻扎重兵，朱亨嘉不放心。
下令杨怀、林察率水、陆师四万，留守浙江。
又令将固山额真金砺、江西巡抚蔡士英、浙江巡抚肖起元、总兵佟柄器等一众大汉奸，押赴南京刑部大牢。留到清明节大祭之日献祭孝陵。
大明祖制，孝陵每年元旦、孟冬、太祖诞辰、太祖及孝慈高皇后忌辰时酒果行香；清明、中元、冬至以太牢致祭，是为“五小祭、三大祭”。
此时冬至大祭已过，只能等待清明了。朱亨嘉特意下令，一定要把这些大汉奸好好养活到清明献祭日。
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北京通政使司衙门，几个守门兵丁有气无力地站着，忽地来了个风尘仆仆的中年人。
“站住，干什么的？”
中年人整了整衣襟，朗声答道：“吾乃浙江巡抚肖起元的家仆肖忠，特来向皇上呈奏我家老爷上的《奏为临难沥血陈情恭谢天恩事疏》”。
好家伙，“临难沥血陈情”，光听这几个字便知道此疏非同小可。兵丁不敢阻挠，很快地，这道疏便一层层传至顺治帝的御案上。
顺治帝仔细读罢肖起元的奏疏，尤其是那句：“谨以佩刀一口，城陷之日，勉尽一死，以报国恩”时，感动得涕泪横流，“肖爱卿真忠臣也！倘人人皆如肖爱卿，国势怎会颓唐如此！”
半晌，顺治帝大吼一声：“朕要亲自率百官祭奠肖爱卿！”
连遭失利，他急需树立一个舍身殉国的忠臣榜样，好让其他大臣学习，为大清效命。
听说皇帝要亲自率百官祭奠肖起元，昭圣皇太后急忙劝阻：“皇上，肖起元的忠心确实值得表彰，可是您亲自祭奠他与礼不合。自古君臣犹如父子，您是君父，他是臣子，岂有君父亲自祭奠臣子的道理？遣一得力大臣替您祭奠便可”。
顺治帝想了想道：“皇额娘（额涅）说得有理，朕让索尼替朕去。不过，这祭文，朕要亲自写”。
昭圣皇太后道：“皇帝且沉住气，毕竟现在杭州还没有消息传出，肖起元生死不知，现在写祭文为时尚早”。
“嗯，皇额娘说得对，朕再等等”。
又过了一个多月，明军攻克杭州的消息传来。不过，却没有肖起元的消息。肖起元等汉奸已经被秘密押往南京了，自然没有消息。
顺治帝的性格很偏执，他既然相信了那封遗疏，又没有肖起元的消息，那自然是殉国了。
于是令内大臣兼议政大臣索尼，替自己祭奠肖起元。
又亲自做祭文如下：
维大清顺治十年（1653年）一月，皇帝遣官致祭于故浙江巡抚肖起元之灵前而告以文曰：
呜呼！国家多事，半壁沦丧。治国安邦，端赖忠臣。吴天不吊，折我臂膀。朕何德薄，罹此蹇剥，心如刀绞，痛断肝肠！
曩者伪明鲁王肆虐，乃命卿巡抚浙江，节制师旅，扫荡吴越。千里驱驰，善战者有赫赫之功；五载奋剿，封疆者无失土之忧。方期贼氛廓清，丽日普照江浙。孰料伪明靖王复入犯，烽火再燃于江南。朕倚卿为干城，受命抚浙，躬亲戎行，未建懋功，遽成国殇。呜呼哀哉！
孤城远悬，难望一兵之援；空腹坚守，惟争大义千秋。慷慨誓师、擂鼓督战，佩刀一口，以尽臣节。如此忠贞勇决，自古罕有。敬谨义烈，堪与比拟。无奈城池虽固，难当万炮轰鸣，终至塌陷。然卿犹高呼杀敌，督兵巷战；战马中箭，继以步斗；钢刀卷刃，血染袍袖；终至力竭，横刀自刎。当是时也，阴风阵阵，日月无光，战鼓齐唁，旷野风悲，微雨飘零，沥沥难止，盖精诚所至，天地为之陨泣！
经年多舛，连陷数省，折损重臣，上天降罚，罪在朕躬。建祠建坊，议谥议恤，褒忠表功，宣付史册。呜呼！卿虽死而不朽矣。浩气化为长虹；名节传于后世。魂其归来，尚飨！
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顺治帝没想到，他的这篇祭文，救了肖起元的命。
无孔不入的锦衣卫，迅速将祭文的内容报于朱亨嘉。
朱亨嘉刚刚建元光武，正欲在清明这一天，将肖起元等汉奸押至孝陵宰牲亭，千刀万剐、以彰武功。
闻报，楞住了。啥？鞑子皇帝以国礼祭奠肖起元，还亲手写了祭文？
光武大帝是玩政治的，久经风雨，手腕了得。立刻觉得此人不能杀。不但不能杀，还得劝其归降，“重用”之。
当年崇祯帝写祭文祭奠洪承畴，结果洪承畴却降了清，对大明的人心造成了沉重打击。受恩如此深重之人都降了，天下何人不能降？
同样的道理，如果顺治帝亲写祭文祭奠的“大忠臣”肖起元降了明，必将沉重打击鞑子的人心。
劝降这种事，朱亨嘉思来想去，交给了降官、辽东总督佟养甲。
以降官劝降，榜样作用很明显。
佟养甲献策道：“陛下，臣以为欲劝肖起元降明，得先控制其家眷”。
朱亨嘉点点头，问道：“其家眷在何处？”
“就在江对岸的扬州”。
“离得这么近？”
朱亨嘉哈哈大笑，“朕派郭璘办此事，此事易耳！”
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肖起元睡得正香，刑部司狱张德，唤醒了他，冷笑道：“起来吧，今日给汝做了顿好的”。
几个狱卒端上了酒菜，鸡、鸭、鱼、肉皆有，还有壶状元红。
肖起元一惊，“难道是断头饭？”
问张德：“吃完这顿，是不是要送予上路了？”
张德按照佟养甲的吩咐说道：“不错，押汝去孝陵，凌迟处死，以祭高皇帝”。
肖起元一听“凌迟”二字，魂飞魄散，目中居然隐有泪光，连酒菜都无心享用。
张德心里暗骂，呸，怂货，亏汝还是堂堂巡抚，居然这么胆小！
返回后，将肖起元的反应，一五一十，报于佟美甲。
佟养甲大笑，“如此，此事易为矣！”
他亲自去见肖起元，见其默默地怔着，饭菜一口未动。
“肖兄，毕竟以前同做过清朝的官，吾来送肖兄一程”，佟养甲对肖起元说。
肖起元泪直流，“多谢佟督宪”。
“肖兄何不归顺大明，弟可以替兄向陛下求情”。
“唉！”
肖起元哀叹了一声，却不说话。
佟养甲笑了，“肖兄是不是担心扬州的家人？实不相瞒，您的家眷已经被锦衣卫秘密带到南京了。准备在孝陵前和您一起斩杀！”
一听此言，肖起元魂飞魄散，扑通一声跪倒，“罪人愿降，求佟督宪替吾向圣上求情啊！”
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一开始，顺治帝听到肖起元没死的消息，不相信。肖起元降明？开什么玩笑？
慢慢地，传言越来越多，证据也越来越确凿。
“混帐！阿其那（冻在冰层里的鱼）！塞斯黑（讨厌）！肖起元这奸贼，居然敢欺君！朕要诛他九族！”
顺治帝暴跳如雷。
内监吴良辅禀道：“皇上，刚得到扬州府消息，肖起元的家眷被人接走了”。
“咣当”，顺治帝气得摔了茶碗。
“皇上，您消消气，喝碗酸梅汤吧”，和硕格格孔四贞，端了碗酸梅汤过来。
以往，只要孔四贞一端酸梅汤，顺治帝的气便消了大半。
此次不同，他太气了，肺堵得慌，需要消堵。
顺治帝发疯似的，不顾孔四贞的挣扎哭喊，抱着她往寝宫走去。