王机既然跑了，王敦一时也没有太好的的办法，果然不久，传来消息王机便取代了广州刺史，自己上任了。
这把王敦气得七窍生烟，恨不得立刻讨伐。王导一见弟弟气恼不堪，因笑道：“不要焦虑，此事可以迂回处理，不如空加其功，转任他去交州任职，再徐徐图之。”
于是王导上奏司马睿，道：“交州梁硕骄横跋扈，难于管理，不如让王机去任交州刺史，必两虎相争，我们再随后图之。”
司马睿立刻准许，任命王机为交州刺史，空表其功，即刻上任。王机也知道窃据广州，王敦早晚对付自己，不如顺水推舟去交州也不错。于是欣然上任。
正如王导所料，交州梁硕盘踞多年，势力雄厚，独霸一方，素来不听司马睿调遣，地头蛇一枚，听说王机要来，心想来抢地盘了？传令州府衙县，谁也不准接待。又广布谣言，说王机把广州祸害的够呛，千万不可再让他来祸害交州了。于是交州上下一心，拒不接受王机，王机一看，这回可坏事儿了，广州已经让了出去，交州又不让进，这不是中计了吗？
于是又召集旧部，起兵反叛，先入交州，一顿乱杀，斩了交州梁硕，又觉得杀害朝廷命官，罪莫大焉，索性反了吧，谋划还是广州好，决定再回去占据广州。
不过他前脚刚走，后脚王敦鸣将陶侃入主广州，陶侃本为渡江跟随司马睿而来的，他到达广州始兴时，州里的引导之人，都说应当观察形势，看看情况再说，不能轻率前进。
陶侃哪能不知此地凶险，广州将领都在等待王机归来，于是假装若无其事，继续进发。
直接到达广州治所时，广州当地官员杜弘早已经和王机通信，准备迎接王机回来，于是派使者假装迎合陶侃，陶侃也不废话，犀利咔嚓将使者斩了，随后跟进，一言不发，将他也杀了，又将王机余党悉数捕获，一律斩首。
肃清内部，陶侃坐镇广州，尽用北方士卒，派督护许高率兵，攻打讨伐王机，王机终是不敌许高，兵败逃跑，又急又怕，一口气没上来，在路上咽了气，他的部下将其草草安葬，一哄而散，许高随后赶到，挖出他的尸体砍下美丽的首级示众，并杀死了他的两个儿子，以绝后患。广州这才平定。
这时江东另一股流民也正在围剿当中，首领名叫王如，王敦断其粮草，困住其兵，又不停招降他的部将，瓦解军心。
王如一见军中饥乏，王敦又强攻不断，手下每天都有人跑去投降，也真是黔驴技穷，于是硬着头皮投降了王敦。
王敦的堂弟王棱素来耿直果敢，他看出王敦有自己的谋算，未必能一直对晋朝忠心不二，于是总是旁敲侧击，提醒堂兄。
王敦假意听不出来，总是笑语盈盈，好言安慰。
偏巧王棱一见王如来降，又勇猛威武，就对了眼儿，喜欢的不行，请王敦把他安排在自己的军中。
王敦笑道说：“不是愚兄没有提醒你，王如这类人勇猛有余，忠信不足，奸险蛮悍，肯定难以畜养，你的性情又急躁息怒，相处下来，必不能宽容待他，而使得他心生怨恨，反而埋下祸根，还是别自找麻烦啦，安排在自己的帐下干什么呢？”
王棱不听规劝，软磨硬泡，坚持请求，王敦于是一笑同意了，道：“可别后悔啊！”
王棱于是把王如视做亲信，时刻安排在身边，特别加以宠信。
王如确实勇猛无敌，臂力惊人，又争强好胜，多次与王敦手下部将们较劲，比试射箭及臂力，次数多了，难免出现纰漏，居然把王敦一个部将误射而死，引得王敦勃然大怒，王棱一见，赶紧陪情道歉，勉强取得了王敦的原谅。
王棱回营后，见到王如气不打一处来，惹下如此祸事，焉能不罚？
于是喝令左右，将王如拖出去，施以杖刑，众人围观，指指点点，王如深以为耻。本身比试之事，都是事先说好，生死不论，如今因此受罚，他自然心中不服。
此时王敦见时机成熟，便使出了离间之计，秘密派人，言语激怒王如，说王棱对他如何不尊重云云，暗示他大丈夫可杀不可辱！王如便有了杀死王棱之心。
这一切王棱哪能得知，他一直觉得自己和堂哥感情深厚，不分彼此，言语规劝深点浅点，他也没防在心上，不想王敦给他下了索命连环套。
王棱乃是性情中人，罚过以后，也不把这事儿放在心上了，依旧把王如带在身边。
一天趁着宴会空闲，王如请求舞剑助兴，王棱点头说好。
可是王如舞着舞着，剑离王棱越来越近，马上就靠到王棱面前了，都是武将，王棱岂不知这是相当危险的行为，一旦失手便会伤了自己，于是突然发怒，厉声呵斥王如。
这顿呵斥，好比火上浇油，当时心头火起，径直向前一剑刺杀了王棱。
王敦听到消息佯装吃惊，捶胸顿足，涕泪交加道：“竖子王如，狼子野心，害我兄弟，我必将他碎尸万段，给我兄弟报仇雪恨！”
立刻派兵逮捕王如，二话不说斩首了事儿，又派人接手了堂弟的军队。