卡布拉尔没有耐心再等待扎莫林的回复，所有人都认为印度人心怀歹意，沉默是为了麻痹他们以争取足够的时间备战。
次日白天，港口毫无预兆地响起炮声，弗兰德和德意志炮手操作着舰队几乎所有的火炮射击港内的mu斯林船只，使其瘫痪并告知全城——报复来了。由葡萄牙人组成突击队则杀向被选定的十艘mu斯林商船，杀死所有留在船上的船员，抢掠所有留在船舱中的货物，最后再将船只烧毁。
葡萄牙舰队在港口的突然行动持续到了日落，被屠杀者超过六百人，尸体被直接抛入水中，被冲上岸的成功恐吓了卡利卡特的市民。至于财物的损失则是无法计算。
日落之后，葡萄牙舰队便转变了目标，卡布拉尔趁着夜幕掩护将战舰带到岸边，待到拂晓时分，无数的炮弹落入城市之中，无数房屋遭到不同程度的损毁，数位显贵因炮击丧命，扎莫林也被迫出城避难。
港口的屠杀和对卡利卡特的炮击向印度人展示了葡萄牙舰队令人生畏的武力和火炮的威力。印度人对这些陌生人心生恐惧，因为他们知道这些人有能力强迫他人。
当然，这也代表着葡萄牙和卡利卡特关系的彻底破裂，贸易站和港口的屠杀让双方都认为是对方率先挑起事端。这是为了印度洋贸易和信仰所发生战争的第一炮。
卡布拉尔见在卡利卡特的外交失败，便执行备选方案，率领舰队南下至科钦。在撤离时，他们俘获并摧毁了更多mu斯林船只。
根据他搜集到的信息来看，科钦是卡利卡特扎莫林的附庸，但一直都在谋求独立，很可能会如同马林迪一样欢迎葡萄牙人的到来。这理所当然地被他视为新的突破点。
事态果然朝对葡萄牙人有利的方向发展，科钦的统治者热烈欢迎这些外来者：“我听闻贵方对卡利卡特造成了巨大的伤害，就连扎莫林都被吓出宫殿了。”而后，他向卡布拉尔询问葡萄牙君主的名字以及葡萄牙王国的基本信息，并表露出结盟的意愿。
见科钦君主如此热情，卡布拉尔有些尴尬，毕竟用于外交的礼物已经送给扎莫林了，好在科钦是主动的一方，印度人主动为葡萄牙舰队提供了泊地和补给。
得益于科钦君主的友好态度，葡萄牙人顺利地在此地设立了贸易站——也是葡萄牙船队在印度的第一个据点——并得知了马拉巴尔海岸的其他情报。扎莫林的另外两个附庸在听闻卡利卡特的屠杀之后接连派遣使者前来科钦面见卡布拉尔，主动邀请葡萄牙人前去贸易并希望结盟共同对抗扎莫林。
但卡布拉尔接到的不仅仅只有好消息，两个印度基督徒找到了他，司令官先是热情地招待了他们，但接下来神父所述实情并不合他们心意。
“尊敬的司令官阁下，您所认为的异端其实是让圣徒殉道的异教，在这片土地上，聆听圣多马教诲者少，陷入遭受异教围攻的困境。而且沿海地区的全部贸易几乎都被mu斯林所把持，您的加入无疑会引起所有人的注意。”印度神父慢慢说出他所知的一切，最后做了一番总结。
真相的揭露让葡萄牙舰队不知所措，好在舰队的火炮和科钦的友谊足以让他们在这片陌生的大洋上立足。
在将马拉巴尔海岸正确的宗教、政治局势和科钦的结盟意愿写入报告之后，他想要先将这些重要的情报迅速送回到里斯本，纠正曼努埃尔和其他人对印度的误解。
正好此时已经有五艘船的货舱满载货物，卡布拉尔便先遣这些舰船回国，而他要率领剩下的空船载满补给进行探险活动。
负责送来补给的科钦使者在这时突然对卡布拉尔说道：“阁下，刚刚接到消息，扎莫林复仇心切，在卡利卡特集结了数十艘船只打算堵截您的船队。我方不会坐视朋友不管，您若需要，我方会派遣战舰……”
卡布拉尔听说是卡利卡特的舰队，则嗤之以鼻地回应到：“贵方的好意我心领了，贵方已经给我方提供了补给和货物，如何能让贵方单方面付出这么多呢？我对于舰队的武备破有信心，卡利卡特人其实已经被吓破胆了，他们不敢靠上来。”
剩余的三艘帆船很快收锚起航，如科钦使者所言，他们很快就见到了一支庞大的舰队，如果相信使者夸张的言辞，那么在卡布拉尔面前的足足有八十多艘战舰。
但事情真的如同司令官所料，见识过火炮威力的卡利卡特人反而畏惧势单力薄的葡萄牙人，仅仅象征性地开了几炮之后，他们根本不敢继续靠近，入夜之后就跟丢了。
卡布拉尔向北拜访了那两个主动与他联系的港口城市，停船装载了香料之后，他也要开始穿越印度洋，只是他不着急回国。
远在里斯本的曼努埃尔正在设计在印度洋的战略布局，为此，卡布拉尔需要派遣人手前去探索红海和东非沿海，为国王陛下提供足够的信息。
迪奥戈·迪亚士被派遣前去，红海上对人类不友好的气候让葡萄牙水手们吃了不少苦头，在于司令官汇合之后，全船的活人数量掉到了个位数，仅为了补充印度洋海图的西北角。准确地说，付出如此代价仅仅只是让绘图师查看了红海入口一番。
随后他们沿着海岸艰难地驶向好望角时，里斯本又出发了一支商船队，曼努埃尔相信他所准备的贵重礼物一定能够帮助卡布拉尔友好解决与卡利卡特扎莫林之间的误会，决定每年都向印度派遣远征队。
因为航程过于遥远，舰队无法在一年之内于里斯本和印度之间往返，有关于印度的一切消息在本土大约要两年才更新一次。葡萄牙宫廷为了确保下一支舰队能够利用前一支的经验采取了一些措施，从卡布拉尔开始，返程的舰队都要在好望角岸边留下信息。
尽管此次远航的结果不甚理想，但曼努埃尔已经准备好在欧洲吹嘘他的胜利。首当其冲的便是对此一直保持密切关注的威尼斯人。