西军在乌镇修整了一段时间后，起兵直奔杭州而来。西军将士士气高昂，连续的胜利让他们觉得去前方不是打仗，而是去发财。与此同时童贯也率领10几万的禁军、厢军也扑向了杭州。
宋军水旱两路20多万人马在杭州外会师，连营扎下了数十里，兵威甚是壮观。童贯作为这20万大军的主帅自然是意气风发。种师道是西军的统帅，童贯是他的顶头上司，所以到了杭州，种师道就立刻来件童贯。
童贯见到种师道当然非常高兴，毕竟西军南征以来扭转了宋军作作战不利的局面，最重要的种师道还给了童贯大量的金银。
童贯见到种师道笑道：“你这老儿来到江南不到2个月，皮肤倒是白皙了很多。”
作为21世纪的大好青年，受到童贯这个太监的调侃种师道心里自然不好受，但是毕竟他在21世纪经历的人际关系比这个宋代要复杂很多，而且也知道童贯并没有恶意。于是笑道：“媪相说笑了，下官到您这里就是想请教下一步的打法。”
听到此童贯收起了笑容，他童贯有今天的地位，那也是早年间一刀一枪打出来的。在作战方面他是不敢托大，于是正色地说道：“虽说这次朝廷20多万大军云集杭州，可是有一战之力的除了西军，也就是禁军中的胜捷军、厢军中的河东军了。可是这两只军队也只有1万多人，恐怕也难以起到重要作用。攻打杭州还是要以西军为主，不知彝叔有何高见。”
种师道顿了一下，就把跟军机处的商量的计划说了出来。种师道对童贯道：“我想请媪相亲率胜捷军、河东军、北军屯兵于杭州城东，其余禁军、厢军人马屯兵城北，我西军屯兵城西和城南，城北和城东的我军只是深沟高垒不要与贼交战，我军从西、南两侧攻城。”
童贯看了一下地图，杭州城东就是钱塘江，城北就是秀州、湖州等应经平定之地。未来的战场一定在城西和城南。他对种师道的这种安排还是很满意的。于是但是他对禁军和厢军的战斗力是在是不敢相信，他怕方腊不按常理出战，偷袭城北和城东大营。于是问道：“诺贼兵偷袭城北和城东大营又当如何？”
种师道回道：“可在营中修建烽火台，白日点狼烟，晚上放篝火，我西军片刻即到！”
童贯道：“如此甚好！”
种师道接着说：“这杭州城城高水深，还有水门通往富春江。还请媪相多下拨写攻城器械，还有请水军守住富春江，以免方腊南逃睦州。”
童贯道：“攻城器械好说我把禁军的工程器械都给你，然后再给你拨些工匠，你老儿就地打造写云梯、攻城车之类的器械。只是这水陆吗？还是让韩泼五带着西军的水师为主，江南厢军水师任听调遣也就是了。”
种师道暗想：西军，虽所谓的水师就200人然出兵时童贯又给拨了800人，但是这800人都是陕西厢军水师，战斗力低下，虽然童贯说有江南厢军水师听从调遣，可是江南水师要是骁勇，也不至于数月间丢失50多个州县吧。
种师道说：“媪相，这江南水师船小兵弱，恐难堪大用啊。还请调禁军水师。”
童贯道：“总比刚刚放下渔网的贼兵强吧。那些禁军水师……哼……”童贯“哼”一声不说话了。童贯在枢密院是全国最高的军事指挥机构，他当然知道禁军水师是什么德性，也就是船大一些罢了，禁军水师跟随蔡京、朱勔转运花石纲谋取私利，全军整各烂到根子里了。要不是这次江南叛乱童贯早就想整顿禁军水师了。
童贯见种师道有些不悦，安慰他道：“彝叔，你只要打破杭州就是大功一件。我让西军10日内独占杭州。”童贯的意思很是明确了，就是要打下杭州，西军可以抢10天。
种师道闻言道：“多谢媪相抬举。”
种师道回道西军大营，把和童贯商量的作战方案跟诸将一说，诸将都非常高兴。只有韩泼五闷闷不乐，他现在水师只有1000千，其中西军只有200人，剩余800人战力之差让韩泼五无奈。不过乌镇决战的时候他带着200西军也是发了一笔小财，可是这次让他守卫水门，这些水师能否防住义军外逃尚且难说，要想从水门攻入杭州万不可能。
种师道看出来了，对韩泼五道：“韩泼五，你只要守住水门，不放走贼兵，杭州所得统一分配时必有你的一份。”
随后，种师道就命令王定六想法联系杭州城中的锦衣卫，让城中的锦衣卫设法制造混乱，里应外合，顺利破城。
方腊起义以来可以说是顺风顺水，文依靠石宝、武依靠厉天闰，攻城拔寨，建都杭州。只是到了杭州以后大力提拔方氏宗亲，在义军中引起不满。西军下江南以来30多万大军作鸟兽散，让方腊非常的紧张。他也考虑过石宝的建议，就是丢弃杭州，到睦州等地聚集教众与西军决战。但是以方肥、方杰等为代表的文武官员都不愿意放下杭州的富贵，回到老家，方腊权衡之后还是没有同意迁都。
石宝带领3000精锐去劫粮，方腊清楚无论成功与否，石宝都不会回来了。最近有逃回来的士兵传言石宝在乌鞘岭被西军杀死，厉天闰乌镇之战也不知所踪。现在他起义初期依靠的左膀右臂都不在城中，如今宋军20万将杭州团团围住，他想找商量退敌之策的人都没有。
方腊看着大堂下站着的诸位文武大臣，问道：“汝等进得杭州，索取金帛美女，孤皆一一赏赐。如今敌军压境，尔等如何都沉默不语！”
面对方腊的问话，诸大臣都低头不语。方腊怒气中烧，道：“养兵千日用兵一时，尔等如此无计，我养尔等何用。”随即他站了起来，走了几圈，指着方肥道：“方肥，你是丞相，你说如何破敌！”
方肥擦了擦脸上的汗，道：“臣唯圣公马首是瞻。”
“废物！”方腊怒道，随即对方杰道：“方杰你是大将军，你说如何破敌。”
方杰道：“兵来将挡，我愿领兵出城与宋军决一死战。”
方腊道：“那宋朝西军一月内连破我35万大军，如今杭州只有10万残兵如何对敌？”
方杰道：“可派神兵为先锋，或可取胜。”
方腊想了一下，说道：“神兵为我圣朝最后依靠，不可轻动。”
这时候，国舅邵亦波突然跳了出，道：“禀圣公，不如接受朝廷诏安，也许还可继续享受荣华富贵。”
方腊听见邵亦波的话怒从心头起，他不动声色的看着诸位文武大臣。只见有不少文武大臣用期待和询问的眼光看着自己。方腊点了点头，道：“还有谁想接受朝廷诏安。”
大堂只上又有十几个大臣站了出来，齐声道：“臣等复议。”
方腊见有这么多大臣想接受诏安，而且不少是方氏家族亲贵，心中已然不悦。他又问方肥道：“丞相有何奏议？”
方肥注意到第一次方腊问他是“如何破敌”，这第二次则问他“有何奏议”，他一时猜不到方腊的心思，只怕说错了话。他深知方腊的为人，是个杀伐果断的枭雄，如果违了他的意思，说不定当场就能丢了那袋。
他想了半天，还是回道：“臣唯圣公马首是瞻。”
方腊此时决心已下，他突然对大堂外喊道：“御林军何在。”
随着方腊的喊声，大堂外冲进了百余名方腊的御林军。方腊面无表情地说道：“将主张诏安的邵亦波等人拿下，立即斩首。将人头悬挂与武林门城头，今后再敢言诏安者，以此为例。”
邵亦波等人跪在地上鸡奔碎米一般的磕头求饶，方腊怒叱道：“孤家给尔等荣华富贵，尔等为宝荣华居然背叛孤家，留尔等何用。”
方腊又对方肥道：“汝负责查抄这些逆臣的府邸，查抄出来的财物金帛都搬到城墙上赏给守城将士。”
方肥急忙口称遵旨。
方腊对着方杰道：“汝负责杭州的城防，断绝内外交通，以防奸细。下旨让各地摩尼教众赴杭州保卫圣教。孤家要与杭州共存亡。”
方腊安排完毕，方肥、方杰等开始行动，抄家、杀人、布置城防。杭州武器库中原路宋军撤退时留下的大量的守城器械，如：灰瓶、滚木、石块，最厉害还有三弓床弩和神臂弓等等，这些东西都让方杰调上了城头。方肥查抄了十几个大臣的府邸，把抄来的财物一箱箱的搬到了城头上。短短几天时间杭州的起义军的士气为之一阵。
这几天宋军也按照种师道和童贯确定的围城的策略在杭州的东西南北四个方向扎下大营，把杭州围住。
西军的大营驻扎完成后，种师道就领着西军诸将在神机营、怀德军的簇拥下来到杭州城外观察敌情。神机营和怀德军本来就是西军的精锐，尤其怀德军那是可以说是种师道的亲军，乌镇决战后怀德军所有的步兵都披上了步人甲，显得威风凛凛。
这些杀气冲天的军队密密麻麻出现在杭州城下的时候，城上的义军真是给吓坏了，急忙飞报方腊。
方腊也是一代枭雄，此刻他带领群臣在杭州的城墙上看着军威齐整的西军。当他们看到西军的军容的时候，真的理解了为什么1个多月就损失了30多万人马了。一支军队的很多东西是可以伪装出来的，但是唯独这冲天的杀气是无法伪装的，方腊意识到了自己遇见了前所未有的对手。
方腊瞟了一眼身后放着一箱箱的查抄的财物。随即用脚踢开一个箱子的上盖，里面露出了白花花的元宝，有的元宝上还带着血迹。
方腊对着守城的义军大声道：“弟兄们，这些财物都是赏给你们的。只要守得住杭州这银子就有地方享用，如果贼官军杀进来了，这银子连同性命也就都丢了。”随即他大手一挥，对着身边的内侍官道：“把这些东西都发下去。”重赏之下必有勇夫当起义军手中握着沉甸甸的元宝的时候，士气高涨了起来。